La tecnología MinION y su potencial en el diagnóstico oncohematológico

Una revolución en la secuenciación genética

La tecnología de MinION, un secuenciador portátil de tercera generación desarrollado por Oxford Nanopore Technologies (ONT), ha transformado el campo de la Secuenciación de Nueva Generación (NGS). A pesar de su reducido tamaño, esta tecnología ofrece una ventaja clave: la posibilidad de leer secuencias largas de ADN, superando la limitación de la mayoría de las plataformas de NGS actuales, que trabajan con fragmentos más cortos. No obstante, en este estudio nos hemos focalizado en la aplicación de MinION en secuenciación de hebra corta (se consideran hebras de cadena corta aquellas inferiores a 700 pares de bases) como una tecnología más eficiente que podría sustituir al gold standard actual del diagnóstico oncohematológico, que sigue siendo la Secuenciación Sanger.

Por otro lado, el MinION supone también una innovación disruptiva en lo económico y lo operativo, ya que reduce de forma significativa los costes de consumibles y simplifica tanto el procesamiento como el análisis de las muestras.

Metodológicamente, su principio se basa en nanoporos que permiten el paso de hebras de ADN. Cada nucleótido genera una señal eléctrica característica que facilita su identificación inmediata. Esta lectura en tiempo real es uno de los aspectos más revolucionarios de la tecnología: el secuenciador puede detenerse justo en el momento en que se alcanza la región de interés, sin necesidad de completar la secuenciación de todo el fragmento.

De su utilización en virus y bacterias a la oncohematología

Desde su lanzamiento en 2014, el MinION se ha utilizado sobre todo en la secuenciación de virus (incluido el SARS-CoV-2), bacterias y levaduras.

Sin embargo, la aplicación de MinION en oncohematología ha sido escasa.
En nuestro estudio, exploramos su uso en secuencias cortas (<700 pb), con el objetivo de comprobar si podía sustituir a la secuenciación Sanger, considerada hasta ahora el gold standard en el diagnóstico de estas enfermedades. En la práctica clínica actual, la secuenciación Sanger continúa siendo una herramienta muy utilizada para la detección de variantes puntuales en hotspots. En estos casos, donde se buscan mutaciones frecuentes en genes específicos, realizar un panel completo de NGS no resulta ni práctico ni coste-efectivo. La técnica de Sanger, al permitir la secuenciación rápida de un exón concreto, se mantiene como la opción más extendida.

Sin embargo, es precisamente en este tipo de aplicaciones donde vemos un gran potencial en la implementación del MinION como sustituto de Sanger. Las ventajas que respaldan esta propuesta son claras:

• Mayor sensibilidad para detectar variantes (≈1% frente al 15% de Sanger).
• Menor coste económico en comparación con Sanger (y también con NGS).
• Rapidez en la obtención de resultados: en situaciones urgentes, el MinION puede ofrecer un diagnóstico en menos de 24 horas, mientras que Sanger requiere de mínimo 24 horas, y NGS suele requerir hasta dos semanas de media.

El estudio sobre tecnología MinION y su potencial en oncohematología

En CIMA LAB Diagnostics analizamos 164 muestras de pacientes con diferentes enfermedades oncohematológicas (síndromes mieloproliferativos, síndromes mielodisplásicos, leucemia mieloide aguda, leucemia mieloide crónica y un caso de leucemia linfoblástica). Estas muestras ya habían sido caracterizadas previamente mediante Sanger o NGS, lo que nos permitió utilizarlas como control. En total, evaluamos 174 variantes genéticas.

El objetivo era comprobar si MinION podía detectar tanto las variantes identificadas por Sanger como las caracterizadas por NGS, y al mismo tiempo confirmar la ausencia de falsos positivos en controles negativos.

Los resultados fueron contundentes: MinION identificó 173 de las 174 variantes (99,43%), con una tasa de error prácticamente despreciable.